Mag sein dass das ein Fehler ist, allerdings sicher kein Fehler der immer auftritt. Wenn sowas simples zu einem Problem führen würde nur weil Pretty URLs aktiv ist, so hätten hunderte das Problem gehabt und sicher schon lange gelöst.
Hast du mal versucht mit der rechten Maustaste das PDF abzuspeichern? Anschliessend im Notepad öffnen, oft steht das noch was drin. PHP Fehler oder sowas ähnliches.